Биология и ботаника
Achilles
Achilles - это симулятор искусственной жизни и эволюции, который использует нейронные сети Hebbian и OpenGL/SD для симуляции жизни в упрощенном окружении.
annie
Нейросетевая библиотека для C + + (Windows и Linux) с открытым исходным кодом. Поддерживает MLP, RBF и сети Хопфилда. Наличие интерфейсов для Matlab's Neural Network Toolbox.
Avida
Avida — это генетический симулятор, создающий в памяти компьютера подобие живой природы.
Bauble
Bauble - менеджер коллекций биологических видов.
Biskit
Biskit - это модульная, объктно-ориентированная библиотека языка Python, используемая в исследованиях по структурной биоинформатике.
BLAST
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент.
Critterding
Critterding - это трехмерная модель "Чашки Петри", которая демонстрирует развитие искуственной жизни.
E-Cell System
E-Cell System это объектно-ориентированный программный пакет для моделирования, имитации и анализа крупномасштабных и сложных систем, таких как клетки живых организмов. Позволяет моделировать параллельное сосуществование многих компонентов, обрабатываемых различными алгоритмами по различным временным шкалам.
EMBOSS
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) - это свободно распространяемый программный пакет для нужд молекулярных биологов.
Entrainer
Entrainer - это бесплатная Java программа, которая создает библиотеки волн света и звука для изучения воздействиях их на мозг.
Для стимулирования мозга создаются волны требуемой частоты, чтобы этого добиться используются два метода с помощью света и звука.
FANN
Нейросетевая библиотека с открытыми кодами, исполняемая в ANSI C. Создает многослойные сети прямого распространения с поддержкой как полно-связных, так и сетей со структурными связями.
Garlic
Программное обеспечение для изучения мембранных белков.
GENESIS
GENESIS (сокращение от GEneral NEural SImulation System) - это платформа для моделирования сложных нейронных систем.
GROMACS
GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations, дословный перевод названия — Гронингенская Машина для Химического Моделирования) - пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов.
Gwyddion
Gwyddion – графическая программа отображения и анализа данных СЗМ (Сканирующей Зондовой Микроскопии), написанная с использованием Gtk+.
Infernal
Приложение предназначенное для работы с базами данных последовательностей ДНК в поиске участков, совпадающих со структурой и последовательностями РНК.
LabKey
Программное обеспечение для управления и анализа больших объёмов биомедицинских данных.
MCL
Пакет MCL - это реализация алгоритма кластеризации Маркова (Markov Cluster algorithm), содержащий утилиты для манипуляций с разреженными матрицами и проведения кластерных экспериментов.
NAMD
Программный продукт NAMD разработан группой теоретической биофизики Университета штата Иллинойс совместно с Институтом Бэкмана и предназначен для высокопроизводительного параллельного молекулярно-динамического моделирования.
Open RasMol
RasMol — компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.