Биология и ботаника

UGENE - пакет для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://ugene.net/ru/

Программное обеспечение для управления и анализа больших объёмов биомедицинских данных.

Сайт разработчика: https://labkey.org/

Critterding - это трехмерная модель "Чашки Петри", которая демонстрирует развитие искуственной жизни.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://critterding.sourceforge.net/
Страница приложения на: https://sourceforge.net/projects/critterding/
Что почитать?

• Обзор на ZenWay.ru

RasMol — компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://www.openrasmol.org/
Что почитать?

• Памятка по использованию программы RasMol
• Занятие 11: работа с программой RasMol

Приложение предназначенное для работы с базами данных последовательностей ДНК в поиске участков, совпадающих со структурой и последовательностями РНК.

Тип приложения: консольная программа
Сайт разработчика: http://infernal.janelia.org/

Программное обеспечение для изучения мембранных белков.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://www.zucic.org/garlic/

Bauble - менеджер коллекций биологических видов.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://bauble.belizebotanic.org/

Avida — это генетический симулятор, создающий в памяти компьютера подобие живой природы.

Сайт разработчика: http://avida.devosoft.org/
Что почитать?

• Владимир Губайловский В поисках жизни
• Цифровой организм
• Иная эволюция
• Искусство жить
• Цифровая жизнь: ещё не разум, но уже память

Achilles - это симулятор искусственной жизни и эволюции, который использует нейронные сети Hebbian и OpenGL/SD для симуляции жизни в упрощенном окружении.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://achilles.sourceforge.net/
Страница приложения на: https://sourceforge.net/projects/achilles/
Что почитать?

• Обзор на ZenWay.ru

Пакет MCL - это реализация алгоритма кластеризации Маркова (Markov Cluster algorithm), содержащий утилиты для манипуляций с разреженными матрицами и проведения кластерных экспериментов.

Сайт разработчика: http://micans.org/mcl/