Химия
Adun
Adun - это расширяемая программа молекулярного моделирования, которая включает в себя также управление и анализ данных.
Avogadro
Приложение для молекулярного моделирования, квантовой химии, биоинформатики, наук о материалах и родственных областей научного знания.
BALLView
BALLView - свободный графический инструмент для молекулярного моделирования.
Bist
Bist расшифровывается как BIdimensional STructures (в итальянском языке звучит как "beast" в английском) и является инструментом для рисования химических соединений. Нацелен на органическую химию и может быть полезен химикам и учителям.
BKChem
BKchem - это свободная программа для рисования химических формул, написанная на Python.
Chemistry Development Kit
CDK (Chemistry Development Kit) — библиотека Java-классов для хемоинформатики и биоинформатики, распространяемая на условиях GNU Lesser General Public License. CDK используется во многих программах, в том числе Jmol, JChemPaint и Bioclipse.
Chemtool
Chemtool -- 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+).
Dalton
Программа для выполнения квантово-химических расчетов.
DRAWxtl
Приложение для просмотра кристаллических структур.
Gabedit
Gabedit - это графический интерфейс к вычислительным химическим пакетам Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess и Q-Chem. Он включает компоненту для просмотра и редактирования молекул в режиме 3D.
GAMESS
Квантово-химический комплекс GAMESS является одной из самых популярных программ для теоретического исследования свойств химических систем, уступая по известности лишь комплексу GAUSSIAN.
GAMGI
GAMGI предоставляет графический интерфейс для построения и анализа атомарных структур.
GaussSum
GaussSum разбирает выходные файлы расчётов ADF, GAMESS, GAMESS-UK, Gaussian, Jaguar и PC GAMESS и извлекает из них полезную информацию.
GChemPaint
GChemPaint -- это двухмерный конструктор химических структур с многооконным интерфейсом, обладающий возможностями встраивания в файлы других программ, использующих Bonobo. Уже готовые рисунки молекул доступны в каталогах NIST Webbook и PubChem.
Ghemical
Ghemical - это пакет программ для молекулярного моделирования с графическими интерфейсом (для библиотеки GLUT и GNOME) и несколькими интересными инструментами 3D-визуализации.
Gnome Chemistry Utils
Gnome Chemistry Utils - набор утилит, включающий в себя химический калькулятор, средства просмотра строения молекул и кристаллической решётки, а также периодическую таблицу химических элементов.
GPeriodic
GPeriodic — маленькая программа, основанная на X/GTK+, позволяет просматривать периодическую таблицу химических элементов и некоторую, более детальную, информацию о каждом элементе.
GROMACS
GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulations, дословный перевод названия — Гронингенская Машина для Химического Моделирования) - пакет молекулярной динамики для моделирования физико-химических процессов.
Jmol
Jmol — программа для просмотра структуры молекул в трёх измерениях.
Kalzium
Kalzium — программа, показывающая периодическую систему химических элементов Менделеева, входящая в пакет образовательных программ KDE Edutainment Project.