Биология и ботаника
PyMOL
3D визуализация белков, небольших молекул, молекулярных поверхностей и траекторий.
RasMol
RasMol — компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.
Raster3D
Raster3D - это набор инструментов для генерации высококачественных растровых изображений протеинов и других молекул.
UGENE
UGENE - пакет для работы молекулярного биолога, предоставляющий инструменты для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, филогенетического анализа, редактирования и аннотирования нуклеотидных и белковых последовательностей, поддержания биоинформационной базы данных, визуализации, поиска геномных вариаций, работы с хроматограммами и многого другого.
VMD
VMD (Visual Molecular Dynamics - Визуальная Молекулярная Динамика) разработан специально для визуализации и анализа таких биологических систем, как белки, нуклеиновые кислоты, молекулярные системы на основе липидов (например, компоненты клеточных мембран).