Утилиты, связанные с загрузкой - ms-sys

ms-sys - это утилита Linux, которая позволяет записать на диск загрузочную запись, совместимую с Microsoft.

Программа делает на флоппи или  FAT-разделе диска то же самое, что и "fdisk /mbr" или "sys d:", но не копирует системные файлы, а только перезаписывает загрузочную запись.

Сайт разработчика: http://ms-sys.sourceforge.net/