Биология и ботаника - VMD

VMD (Visual Molecular Dynamics - Визуальная Молекулярная Динамика) разработан специально для визуализации и анализа таких биологических систем, как белки, нуклеиновые кислоты, молекулярные системы на основе липидов (например, компоненты клеточных мембран).

Программа понимает формат Protein Data Bank (PDB) и позволяет использовать различные варианты и методы визуализации и расцвечивания молекул.
VMD пригоден для анимации и анализа фазовой траектории, полученной в результате молекулярно-динамического моделирования. Интересной особенностью программы является то, что она может использоваться в качестве графической составляющей компьютерной системы моделирования и работать на удаленном компьютере. Программа интегрируется с NAMD.
VMD обеспечивает большое разнообразие методов для представления и окраски молекулы: простые пункты и линии, сферы CPK и цилиндры, мультипликационные рисунки, и многое другое. VMD использует OpenGL и OpenGL Programmable Shading Language для высокоэффективного предоставления больших структур.

Тип приложения: другие программы для графического режима
Сайт разработчика: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Что почитать?

• «Биоконструкторы». Молекулярное моделирование и конструирование
• Молекулярное моделирование и конструирование